Terapia w programie HANDLE polega na przeprowadzeniu kompleksowej oceny stanu układu nerwowego pacjenta mająca na celu określenie stopnia oraz rodzaju dysfunkcji poszczególnych elementów układu nerwowego. Następnie, po szczegółowym przeanalizowaniu wyników oceny, wykwalifikowany terapeuta opracowuje indywidualny program terapeutyczny, składający się z szeregu specjalnych ćwiczeń, dostosowanych do specyficznych potrzeb dziecka. Terapeuta, w zależności od stopnia niepełnosprawności osoby poddawanej terapii, szkoli pacjenta lub jego rodzinę jak należy prawidłowo wykonywać ćwiczenia. Zalecone ćwiczenia wykonywane są samodzielnie w domu. Bieżące monitorowanie oraz modyfikowanie terapii odbywa się w formie comiesięcznych konsultacji z terapeutą. Po upływie sześciu miesięcy od rozpoczęcia terapii, przeprowadza się ponownie szczegółowe badanie osoby poddawanej terapii, by na jej podstawie zdecydować o zakończeniu bądź kontynuacji terapii, w zależności od uzyskanych efektów. W metodzie HANDLE,  stosuje się zasadę tzw. Łagodnego Wzmocnienia (z ang.: Gentle Enhancement), polegającą na tym, iż w terapii zwraca się baczną uwagę na to, jak w danym momencie odpowiada na wykonywane ćwiczenia układ nerwowy. Twórcy metody zbadali, że układ nerwowy ma swoją określoną „pojemność”, która może ulegać zmianie w zależności od m.in. ilości bodźców, jakie do niego docierają. W związku z tym, układ nerwowy jest w stanie przyjąć w danym momencie tylko określoną ilość stymulacji – taką, na jaką pozwala jego „pojemność”. Wykorzystuje się również zjawisko plastyczności mózgu polegające na tym, że mózg stale się rozwija i podlega przemianom w odpowiedzi na czynniki środowiskowe oraz rodzaj stymulacji. Rozwój mózgu ma miejsce przez całe życie, w związku z tym metodę HANDLE można stosować u wszystkich osób z autyzmem niezależnie od ich wieku czy stopnia funkcjonowania. Badany jest stan każdego z następujących elementów układu nerwowego: wzrok, słuch, zmysł równowagi, wszelkie rodzaje czucia (czucie powierzchowne oraz głębokie), smak, węch, napięcie mięśniowe oraz sprawdza wszelkie pomiędzy nimi powiązania jak również sposób, w jaki wpływają na funkcje wyższe układu nerwowego, takie jak czytanie, pisanie, liczenie, mowę oraz wszelkie inne szeroko rozumiane formy uczenia się jak również funkcje ruchowe. Metoda HANDLE bierze pod uwagę nie tylko aktualny stan układu nerwowego klienta, ale również wpływ czynników środowiskowych takich jak odżywianie, czynniki toksyczne, stan emocjonalny, dziedziczność, styl życia. Jeżeli w trakcie przeprowadzania terapii pojawiają się oznaki stresu w układzie nerwowym, należy natychmiast przerwać stymulację tak, by nie doszło do jego przeciążenia. Dzięki takiemu podejściu do pacjenta,cały czas terapia prowadzona jest w optymalnych dla układu nerwowego warunkach. Jest to możliwe dzięki temu, że terapia prowadzona jest przez rodzinę klienta w domu i można dawkować ilość stymulacji układu nerwowego w danym momencie, dbając o to, by wszystkie zalecone ćwiczenia zostały w ciągu dnia wykonane. Dzięki temu, że terapia HANDLE jest stosowana bardzo regularnie (codziennie) w kontrolowany sposób jeśli chodzi o ilość stymulacji, widoczna poprawa poziomu funkcjonowania następuje stosunkowo szybko. Metoda HANDLE nie wymaga specjalistycznego sprzętu, co obniża koszty terapii.